Ein sehr wichtiges Thema ist die korrekte und regelmäßige Reinigung von Milchaufschäumern und vergleichbaren Komponenten.

Grundsätzlich gilt, wer Milchspezialitäten aus seinem Vollautomaten zaubern möchte, muss auch täglich das Milchsystem mit dem richtigen Milchreiniger reinigen.

Je nach Hersteller und Modell gibt es unterschiedlichste Aufschäumtechniken. Milchkannen mit Aufschäumkopf (diese können im Kühlschrank gelagert werden), Cappuccinatore mit Ansaugschlauch (hier wird lediglich ein Schlauch in die frische, kalte Milchtüte geführt), kombinierter Auslauf mit Milchaufschäumer und Ansaugschlauch oder die Dampflanze, um Milch in einem Behälter aufzuschäumen.

Kaffeevollautomaten bieten in den meisten Fällen die Funktion einer "Milchsystemspülung" an, bei der jedoch lediglich klares Wasser oder Wasserdampf das System spült. Diese Funktion wird relevant, wenn über längere Zeit (>10 Min.) eine Milchtüte oder Milchkanne am Automaten genutzt wird. Es soll damit vermieden werden, dass sich nach einer gewissen Zeit Ablagerungen bilden, die das System verstopfen können (Milchfette, Eiweiße).

Hygienisch rein werden Milchsysteme mit speziellen Milchreinigern. Diese lösen Milchfette und Eiweiße und beinhalten zusätzlich ein Desinfektionsmittel, um eventuell vorhandene Bakterien zu beseitigen. Die Reinigung des Milchsystems ist ein sehr wichtiger Aspekt, der auch gesundheitlich starke Beachtung finden sollte.